从外太空飞来的陨石坠落在大冰原上。科学家伦多博士为了调查住在冰原的宝可梦而来到这里，他的儿子小超却意外被卷入坠落时产生的暴风；在一片的水蒸气中隐约现身的是神秘的宝可梦代欧奇希斯，就在这时候出现了宇宙宝可梦烈空坐，和代欧奇希斯展开激烈的战斗，而伦多博士和小超也被卷入他们的激斗中。在那之后经过了四年，小超因为这个事情，让他完全无法和宝可梦相处，尽管他很喜欢宝可梦；后来，他遇见了一个躲在他父亲的大型实验室里的奇怪宇宙实体，这就是后来被发现是拥有绿水晶的代欧奇希斯的一种形态，它是小超第一个朋友，主角光环总是在不经意间暴露。
而明龖这边和大家乘坐轻轨来到了高科技城市拉鲁斯市，小智想在这里的对战塔和其他的宝可梦进行战斗，以提高自己宝可梦的战斗力和配合。在拉鲁斯市的对战塔，小超遇到小智和他的皮卡丘，小超被皮卡丘吓到，小超冲进电梯；而小智在电梯门关上的一瞬间进入了电梯，并试图询问愣在电梯里的男孩对战塔在那里，小超因惊吓而待在电梯角落（小智在和正常人类的交往可就无法做到无往不利了）。小超设法逃脱小智，但因为误打误撞与小智参加了多人对战，在那场比赛他们与阿龙和将太对战。
小智派出皮卡丘，小超也不得不承认，他不是一个宝可梦训练家，因此他没有宝可梦。小智不愿放弃比赛，借给小超他的煤炭龟，小超不情愿地参加了比赛；就这样，战斗开始了，然而，事情并没有那么的顺利，皮卡丘和煤炭龟均遭到攻击，小超没有任何战斗经验，因而无法让煤炭龟使出招式，小智受不了小超的行为，于是让煤炭龟使出绝招。二人配合缺乏默契，失误频频发生，乃至煤炭龟的喷射火焰意外攻击到皮卡丘；小超被将太的水箭龟使出的高速旋转吓到，这让他想起了帝牙海狮群受到惊吓时的暴风。战斗结束后，小智和小超遇到了小超的父亲和优子，小超的父亲和优子一直在观看这整个战斗；当伦多教授表示，他多么自豪，小超伤心地说：“不要，这一切都是意外！它甚至不应该发生！”。然后，他离开了大楼，小主角的命运抗争之路迎来转机，但过程可不会简简单单。
情绪好不容易缓和的小超在城市游荡，他遇到了正电拍拍和负电拍拍，负电拍拍它的头卡在垃圾箱，小超帮助它，但是当这两个宝可梦试图通过拥抱他以示感谢，他吓坏了，跑去他父亲的研究所；同时，优子告诉小智和他的朋友有关小超的恐惧，小智制定了一个计划，帮助小超克服他的恐惧。小智和皮卡丘发现他帮助了负电拍拍，他们跟著小超到温室中，在那里他们发现了他与第二代欧奇希斯的能量形式谈话；当他们问小超他在跟谁说话，他回答说，“没有必要告诉你们”；他就走开了，但被一群长翅鸥吓到跌倒了。
当小智试图帮助他，小超又被皮卡丘害怕，不小心碰倒了小智，他爬起身来；愤怒的小智抓住小超他的衣领，但及时到达的小遥，小胜和明龖避免两者之间的冲突，而且他们邀请小超吃午饭。在那里，他们开始实行之前的计划，由于不同的宝可梦的团体开始接近他们，小智和小遥试图哄小超抚摸皮卡丘，但恐惧战胜了他的内心期盼，他选择了离开；但是，他还是很礼貌地感谢小智一行人，并为之前的事情道歉，第一次尝试失败。
当天晚上，小超再次遇到小智和他的朋友们，还包括阿龙、将太、小瞳、凯萨琳和奥黛莉，他还带来了一盒宝可梦饼干，他们和他们所有的宝可梦聚集一起度过了一个有趣的夜晚；可惜的在于第二次的尝试计划也失败了，明龖也是爱莫能助直摇头。
第二天，拥有紫水晶的代欧奇希斯，四年前被烈空坐在战斗中打回原形，现在又再生，开始在城市里寻找失去的伴侣，昨晚的极光也是它的杰作。当烈空坐走近拉鲁斯市寻找它的敌人，紫水晶的代欧奇希斯筑起了一道力场封锁了这座城市的主岛，诱捕还留在城市里面的人和宝可梦。代欧奇希斯因为一直没有找回自己的伴侣，在随后的时间，还在城市里不断的捕捉“能量体”，期间还包括之前和小超有过交集的负电拍拍；小超试图安慰正电拍拍，但他的恐惧战胜了他的好意，有点无敌的恐惧，实在是冥顽不灵。
最后，关于代欧奇希斯寻找伴侣的真相被揭露，城市里的“能量体”会影响代欧奇希斯的搜寻，大家想出了一个计划，以帮助拉鲁斯市恢复秩序；大家一起协助优子小姐复活了绿水晶里的代欧奇希斯（过程有点儿戏但真实有效），紫水晶的代欧奇希斯很快与伴侣重逢了。同时，坚持不懈的烈空坐终于通过城市周围的力场，并和两只代欧奇希斯都打在了一起；随着力场的消失，城市的电力恢复了，而两只代欧奇希斯和烈空坐之间的战斗造成城市里的大量破坏，全部的机器人发生故障引发消灭破坏者的指令。
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