豫州刺史（袁术置）孙坚表奏朱治行督军校尉，率步兵骑兵，前往徐州，协助徐州刺史陶谦平定黄巾。
陈志《朱治传》：（孙坚）表（朱）治行督军校尉，特将步骑，东助徐州牧陶谦讨黄巾。
初平三年（192年），青州黄巾军入兖州，攻杀任城相郑遂。兖州刺史刘岱迎战，败亡。济北相鲍信等人迎东郡太守（袁绍置）曹操入兖州，至本年冬，青州黄巾三十万降于曹操。
约初平四年（193年），青州黄巾渠帅管亥围攻北海国都昌县，孔融使太史慈向平原相刘备求援，待刘备率三千人马增援，管亥解围而走。另，郑玄之子郑益恩在此战中殒命。
《太平御览·卷362》引《郑玄别传》：（郑）玄一子名益，字益恩。年二十三，相国孔府君举为孝廉。府君以多寇屯都昌，为贼管亥所围，乃令从家将兵奔救，遇贼见害，时年二十七也。
兴平二年（195年），皇帝刘协从长安返回雒阳途中，被李傕等人率军追击。护送将领之一的杨奉，原为白波黄巾军将领，他派人去联络白波黄巾军将领李乐、韩暹、胡才及匈奴左贤王去卑前来护驾。
十二月，东归队伍抵达河东郡安邑县。
建安元年（196年）正月，曹操讨豫州汝南、颍川郡黄巾，何仪降。朝廷（刘协）拜曹操为建德将军。
李通讨伐汝南郡黄巾军，生擒渠帅吴霸，吞并其部。后，李通率众归附朝廷（曹操），拜振威中郎将，屯兵于汝南郡西界。
陈志《李通传》：（李通）又生禽黄巾大帅吴霸而降其属。李通本荆州江夏郡人，乱世时起兵于汝南郡郎陵县。
六月，胡才留在安邑县，李乐、杨奉、韩暹、董承随刘协返回雒阳，途中李乐退出。
六月二十二日，东归队伍抵达雒阳，韩暹拜大将军并领司隶校尉，杨奉拜车骑将军。曹操写信盛赞杨奉，杨奉大喜，表曹操为镇东将军、嗣其父爵位费亭侯。
之后杨奉出屯梁县，韩暹与董承在雒阳争权。
八月，董承私招曹操进京为援，韩暹被迫投杨奉。曹操骗过杨奉，将刘协转移至许县定都。
十一月，杨奉、韩暹作乱，被曹操击败，转投袁术。
之后，杨奉被刘备诈杀，韩暹北归途中遇难，李乐病死，胡才为仇家所杀。白波黄巾自此消亡。
本年，郑玄自徐州返乡（青州北海国高密县），途遇黄巾军，黄巾军听闻郑玄大名，沿途跪拜两旁，约定不去侵略高密县。
建安五年（200年），曹操与袁绍相持于官渡，汝南黄巾刘辟叛曹应袁，袁绍使刘备助其攻打许都，曹操则派曹仁讨平之。
建安七年（202年），吴郡太守、行扶义将军（孙权置）朱治，讨伐黄巾余党陈败、万秉等人。
陈志《朱治传》：（朱治）征讨夷越，佐定东南，禽截黄巾余类陈败、万秉等。
自孙权掌权，扬州各地多有黄巾作乱，长史张昭率军讨平之；会稽郡官吏留赞与黄巾军作战，阵斩渠帅吴桓。
陈志《张昭传》裴注引《吴书》：（孙）权每出征，留（张）昭镇守，领幕府事。后黄巾贼起，昭讨平之。
陈志《孙峻传》裴注引《吴书》：留赞字正明，会稽长山人。少为郡吏，与黄巾贼帅吴桓战，手斩得桓。
建安八年（203年），曹操部将乐进讨伐青州乐安黄巾，定乐安郡。
建安十二年（207年）十月，济南、乐安黄巾徐和、司马俱等攻克郡县，杀害济南王刘赟。朝廷（曹操）令典军校尉夏侯渊督泰山（太守吕虔）、齐、平原三郡【建安十一年（206年），朝廷（曹操）废八郡国，齐国、平原国名列其中，故本年称郡。】讨平之，屯兵徐州东海国的威虏将军臧霸亦有战功，战后领徐州刺史。
自此，汉末史书再无黄巾起事。
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