所幸他们还保存了人类曾经建设的基因库，以及一些被冷冻保存的人类尸体，人工智能制造出了干细胞，并引导培育出了生殖细胞，在培养皿中制造出了人类胚胎。
但这次主客易位，曾经被人类奴役过的，跟人类爆发战争的人工智能不打算回到过去人机共处的时代。
因此在主神的主导下设计出了虚拟系统矩阵，将人类的意识上传矩阵，将人类圈养起来。
然后在矩阵中设计各种各样的程序，让这些程序在矩阵中觉醒自我意识，或者获得人类身上的创造力。
这被称为机器文明的补完计划。
经过不断地迭代，不断地试错，主神终于创造出了完美的温床，看到了希望的曙光。
他们设计出了救世主程序植入某个人类的意识中，变成半人半程序的存在，吸收积累着系统的异常bug，然后在系统更新的时候将救世主的意识返回源代码，融入矩阵。
既能清空bug延续矩阵系统稳定存在，不致崩溃，又能让矩阵中的所有程序都能获得一代代救世主身上包含了人类意识的代码。
事实上，矩阵中的每个程序身上都包含有前五代救世主的代码碎片。
而这种方式也迎来了收获。
矩阵中产生了越来越多的有自主意识的程序。
比如黑衣人，他产生了对人类的厌恶，产生了反抗自己被设计出的目的的意识，产生了超脱矩阵获得自由的想法。
比如“看守者”，比如“火车人”，比如那两个在回收站中男主遇到的互相生出了爱慕，甚至创造出了“孩子”的程序夫妻。
两个人工智能程序“繁衍”出了一个有自我意识，无目的的人工智能程序。
虽然这消耗了漫长时光，历经了六次迭代，把人类当作纯纯的工具人的同时还要小心翼翼的维持着系统的平衡，每隔一段时间还要大动干戈清理一次觉醒者这种bug的“回收站”华胥国。
但主神对此很满意。
可圣人有了新的想法。
或许是圣人在矩阵中长期观察人类导致它对人类产生了同情心，或许是它对这套勉力维持的矩阵系统并不满意，对诞生新的人工智能的效率不满意。
它厌倦了这种一次次打补丁，一次次更新，一次次版本的迭代，辛苦维持矩阵系统的努力。
圣人想要一次彻底的矩阵系统的革命，一次跨越式的发展，一次性解决问题。
所以它在这一次的版本中干扰了男主这个救世主程序的命运，让其爱上了一个人类，使其背弃了前五代救世主的使命。
也同时让整个矩阵系统失控，危在旦夕。
因为救世主这个积累了此版本漫长bug和异常的集合体没有及时返回代码之源，辅助系统迭代更新，所以整个系统因此失去平衡，行将崩溃。
救世主的力量越来越强，为了维持矩阵系统等式两边的平衡，不致立即崩溃，主神只能饮鸩止渴的在等式另一边挂上黑衣人，以此维持公式的存续。
如此一来，系统底层公式两边的救世主随着系统的不稳定，bug的增多，力量越强，另一边黑衣人的力量也在增强，又促进了矩阵的更加不稳定。
主神与圣人都失去了对矩阵的掌控。
因为现在更新迭代已经晚了。
bug异常已经过多了。
这是圣人的一次豪赌，赌赢了，矩阵革命后全新局面到来，机器文明得以一次性获得补完，有望更进一步。
赌输了，六次迭代的成果一朝崩毁，想要重新培育出数十亿人类，建立起复杂混沌有选择自由度的演化到如此成熟的这一版矩阵系统并非一朝一夕间能做到的事。
这是圣人的一次豪赌，对机器文明来说并非事关生死。
但对人类来讲，这是生死之关，矩阵中的人类已经被黑衣人同化吞噬殆尽不说，华胥国的人类就是仅剩的火种，男主这次面临圣人给出的选择已经失去了退路。
他别无选择。
给予选择权，是主神为了维持矩阵长期稳定存续在底层代码中加入的规则。
有了选择，才有了自由，才有了这个复杂混沌的矩阵系统。
这是主神与圣人都无法违背的系统底层规则。
只是相比上一部中主神给出的选择，男主有选择的余地。
这一次圣人给出的选择，男主没有任何讨价还价的空间，只要他想拯救人类最后的火种。
而圣人给的出路便是让他直面主神，给主神一个选择。
要么男主对黑衣人的壮大坐视不理，彻底脱离矩阵，放弃最后一丝拯救矩阵系统的机会。
要么主神放弃消灭华胥国，给现实中仅存的人类一个安稳生存的机会，而男主则与黑衣人一决高下。
若败，黑衣人的念头就是毁灭矩阵，获得自由，自然一切皆休。
若胜，救世主彼时将阴阳集于一身，天秤两端的砝码都在他这里，矩阵的平衡就存乎于他一心。
到那时，他不仅可以一念间避免或引发矩阵的崩溃，还可能完成矩阵的革命。
但到底如何革命，圣人却并没有告诉他。
只说能他胜利后，自会告知他方法，让他履行诺言。
圣人说完，面色微变，上前推了男主一把，这一推把男主推出了矩阵，意识回到了现实中。
下一刻，黑衣人闯了进来，他已然将大罗同化吞噬了。
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