每个武将带兵的经验都不一样，但这里头也不乏对军事一窍不通，纯粹是纸上谈兵的人，东西写上来，是龙是虫，是抄兵书的还是自己体会的，皇帝对照着看，又找来久经沙场的兵部尚书杨博一起研究，也能挖出不少浑水摸鱼的蛀虫。
熟悉军事，了解军事，是为了在战争一起的时候，作为国家的最高统治者，不至于被人欺瞒，两眼一抹黑，很容易闹出笑话，而且身为皇帝，也是军队最高统帅，理应拥有武将的拥戴，但如果你没有本事，就算因为地位的缘故而不得不让人屈服，也终究达不到打动人心，让人心服口服的效果。
从小受赵肃熏陶的朱翊钧很明白这一点，而且身体力行，每天起码要花上两个时辰亲自参与京营禁军的操练，有时甚至亲自下场与将士一起训练比划。为此内阁不少人，包括张居正都强烈反对，认为天子不该和士兵厮混在一起，有失身份，但赵肃独排众议，与兵部尚书杨博一起，支持皇帝这样的行为。
实际上，效果是显著的，由于朱翊钧不怕吃苦和一视同仁，得到了京营中不少将士的拥护，而皇帝通过这样的亲身实践，也想出了不少办法，用来提拔有才能的人，淘汰在军队里混日子的。
为了让皇帝能够更加熟悉地形地貌和战场上的情况，赵肃让工部又做了蓟州和宣大两地的沙盘，而这个时期，在戚继光手下当兵的贺子重，也会经常与朱翊钧书信往来，跟他描述一些实际情况。
当然，要指望贺子重的书法和文笔是不可能的事情，所以皇帝经常会在信中看到不少令人啼笑皆非的别字和病句。
这就又让朱翊钧发现一件可以做的事情：提高军队士兵的文化水平。
在明朝当武将有几种途径，一是进士出身的文官外放，像谭纶。二是世袭武职，像戚继光。三是通过武举授职，一步步升上去，像毛文龙。四是虽然没什么文化水平，但是跟着老大打天下，后来老大成了皇帝，下面的人自然也就鸡犬升天了。
如今第四种情况几乎没有可能，所以明朝武将一般都要识字的，但是对士兵就没有那么多的要求。在这个时代，好铁不打钉，好男不当兵，明朝士兵的地位极其低下，加上国库空虚，常常拿不出军饷发放，一支连吃都吃不饱，也没有任何信仰的军队，怎么能指望他们打赢战？
戚继光之所以百战百胜，就是因为他给了士兵足粮足饷，而且定下严格军纪，这才有了名震天下的戚家军。朱翊钧想改革军队这种恶性循环的现状，就要先从清点军队人数，和发放足额军饷开始。
清点全国军队人数，是为了防止克扣军饷，吃空饷的情况，发放足额军饷，则是让士兵吃饱饭，才有力气打仗。
再然后，就是对五品以上武将进行定期考核，考核内容包括军事知识，对防地的了解，每月的操练规定，并派人实地验收等，以免这些人时日一久，不思进取，敌人一来连打都不用打，就直接逃跑了。
最后则是对普通士兵文化水平的普及，朱翊钧原先的想法是让武将直接给士兵授课，但赵肃又想了一个办法，那就是让那些在考成法中不幸落马的革职官员去教士兵识字，戴罪立功，一年之后考核士兵，如果全部考核通过了，说明这些人教得好，可以考虑让他们重新为官，如果士兵考核没通过，那不好意思，再派个人来，反正朝廷里每年因为工作考核不合格而被罢官的人不知凡几，永远不必担心没有人选。
当然这些事情都是一步步来的，光是清点军队人数这件事情，就进行了大半年，一直到万历二年春天才基本完成，其中还包括淘汰一些老弱病残，或者根本不存在，却在军队里占空饷的名额。
这段时间内，人人忙得脚不沾地，内阁阁老们一天十二个时辰，几乎有十个时辰是在内阁里度过的，有时候困了就直接倒在内阁里间的小屋子里歇会。
为了提高效率，皇帝也索性把办公场所暂时搬到内阁，不看不知道，一看吓一跳，每天待在这里，才发现内阁的环境是多么简陋，一想到赵肃，哦不，是所有阁老每天就在这种环境下办公，朱翊钧二话不说，下令扩充内阁，重新整修。
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